Huvudkontoret ansvarar för Åklagarmyndighetens verksamhet i Högsta domstolen, för rättslig styrning och centrala internationella frågor. Dessutom ansvarar huvudkontoret för övergripande tillsyn av den operativa verksamheten på åklagarkamrarna samt för myndighetens it-, ekonomi-, personal- och kommunikationsfrågor.
På huvudkontoret finns följande avdelningar: rättsavdelningen, tillsynsavdelningen, ekonomiavdelningen, personalavdelningen, kommunikationsavdelningen, internrevisionen, säkerhetsavdelningen samt it-avdelningen.
Expeditionstid är kl. 9–12 och 13–15 varje helgfri måndag–fredag. Receptionens öppettider är kl. 8–12 och 12.45–16.30 varje helgfri måndag–fredag.